已知性别影响癌症发病率、临床结局和癌症生物学，大多数癌症在男性中会导致相比女性更坏的结局。这种差异背后的性别特异机制尚未得到深入理解，但一些研究认为Y染色体的功能可能起了作用。

　　美国得克萨斯大学安德森癌症中心评估了一种结直肠癌（癌症相关死亡的第二大常见原因，在男性中更常见、更具侵袭性和转移性）小鼠模型的性别差异。模型是该疾病的一个特定形式，由一个已知的致癌基因KRAS驱动。研究者观察到雄性小鼠更高频率的转移和较差生存率，反映了在人类身上观察到的结局。分析显示，组蛋白去甲基化酶家族（驱动肿瘤侵袭和免疫逃逸）的一个酶有基因上调。这一基因表达在Y染色体上，从而提供了KRAS驱动的结直肠癌进展中性别差异的一个可能基础。

　　在另一项独立研究中，西达赛奈医学中心团队研究了Y染色体缺失如何影响癌症结局。Y染色体缺失是多种癌症类型中观察到的一个特征，但其临床和生物学重要性尚不明确。他们首先研究了300名男性膀胱癌患者的临床数据，识别出Y染色体缺失和较差预后存在关联。他们接着研究了膀胱癌细胞系，发现与有Y染色体的肿瘤相比，缺失Y染色体的肿瘤更具侵袭性，T细胞介导免疫反应更受抑制。他们指出，Y染色体缺失在人类和小鼠中与对某种特定类型免疫疗法的响应增加有关，意味着这类膀胱癌亚群的一个潜在治疗路线。